Музей создан в 1967 году, как музей революционной истории Невской заставы. В этот период доминирующими стали следующие направления формирования фондов: ленинская тематика (предметы декоративно-прикладного искусства, книги, открытки и т.д.), материалы о революционере и рабочем Обуховского завода Василии Шелгунове (книги, личные вещи, документы, фотографии и т.д.), а так же книги и документы о политических и революционных деятелях (в том числе живших или работавших за Невской заставой).
С начала 1990-х годов направление формирования фондов меняется от революционно-демократического к историко-краеведческому. Теперь, сохранив наличие революционной тематики, больше придаётся значение документам и фотографиям, связанным с историей Невской заставы (образование района, строительство и т.д.).
С середины 1990-х годов коренным образом меняется формирование фондов в сторону материала по истории Невской заставы по следующим направлениям:
- крестьянский быт, быт рабочих, дворян, разночинцев и т.д.;
- материалы, связанные с историей предприятий Невской заставы;
- документы, фотографии об образовании, здравоохранении, культуре, религии;
- материалы об истории создания и современном состоянии памятников архитектуры за Невской заставой (в Невском районе);
- материалы о жизни известных личностей, таких как Н.А. Львов, А.Б. Куракин, Г.А. Потёмкин, П.М. Обухов и др., деятельность которых связана с Невской заставой,
- Невский район в годы Великой Отечественной войны, блокада Ленинграда.
Став краеведческим с середины 1990-х гг., музей продолжает пополнять фонды материалами ленинской и революционной тематики, если эти поступления являются целой коллекцией (например, коллекция В.Я. Бялого).
С начала 2000-х годов большое значение придаётся поиску и подбору документов по истории Невской заставы и Невского (Володарского) района. Особое внимание придаётся поиску и приобретению уникальных предметов дворянского и крестьянского быта XVIII-XX веков и изделий Императорского фарфорового завода, Императорского стеклянного завода, Императорской карточной фабрики, Императорской Александровской мануфактуры, др. предприятий Невской заставы.
В настоящее время фонд музея «Невская застава» включает в себя более 23 000 единицы хранения и состоит из Основного и Научно-вспомогательного фондов. Основной фонд включает в себя 9 коллекций:
Фонды
- Вещественный фонд - этнографические предметы, механизмы, приборы, инструменты и образцы изделий, выпускаемых предприятиями Невского района.
- Фонд Изобразительного искусства - предметы декоративно-прикладного искусства, предметы живописи, графики, скульптуры.
- Печатный фонд - собрание книжных памятников, журналов, газет, периодических и продолжающихся изданий, включающих в себя издания до 1946 года, редкие книги с автографами и эклибрисами, издания по истории промышленности.
- Фонд Печатной графики - открытки, афиши, буклеты, схемы, чертежи, игральные карты, рекламную продукцию предприятий и организаций района, бланки грамот.
- Документальный фонд - документы на бумажной основе личного или общего характера, отражающие личную и производственную жизнь той или иной эпохи, а так же предметы именные предметы печатной графики.
- Фонд фотографий - фотографические материалы, имеющие мемориальное, историческое или художественное значение.
- Фонд Нумизматики - нумизматика, бонистика, фалеристика, геральдика и филателия.
- Фонд Негативов - негативные материалы, отражающие существенные факты общественной и личной жизни.
- Фонд аудио-видео записей - грампластинки, аудиокассеты и видеокассеты, кинопленки.
Собрание музея постоянно пополняется. Немало ценного для пополнения музейных коллекций безвозмездно передают в дар коллекционеры, жители районов города, авторы и их наследники.